广东三九脑科医院是国务院国资委全资建设的现代化大型脑专科医疗机构，隶属国务院国资委直属的“华润集团”及“华润三九”管理。
医院1994年经国家卫生部批准设立。展开床位630张。按广东省卫生厅批复医院规模和建设水平“相当于三级甲等医院”。国内着名神经内、外科专家学者吴若秋、李龄、谭启富、许建平、唐刚揆、尹普安、王象昌等给予我院工作极大的关怀和支持，在不同的历史发展时期直接参与了医院临床医疗和科研工作。着名癫痫内科专家沈鼎烈教授、神经内科专家田新良教授、神经外科专家黄勤教授、成良正教授作为医院神经内（外）科首席专家常年领纲主持相关的学科建设。全国人大常委会副委员长吴阶平、原国家卫生部部长陈敏章为医院提写了“勇攀医学科学高峰，不断提高诊治水平”、“发挥专科优势，争创一流技术”，对医院建设取得的成绩予以赞扬和勉励。
目前医院设有30余个临床诊疗和功能检查科室。拥有国内第一台美国生产的价值2500万元脑磁图大脑功能与定位检测仪，超大阵列36台视频脑电监测系统，飞利浦公司生产的1.5T功能磁共振仪和全身CT，美国第五代X刀，瓦里安直线加速器和放疗系统，适形调强精准放疗系统、大型DSA，美国GE彩色超声诊断仪，德国产手术导航系统和麻醉机、呼吸机、监护仪，多台进口手术显微镜，美国产新型接触式半导体激光刀，拥有国内最先进的手术室环境和配套设备，重症监护病房技术条件也居国内先进水平，医院设备总值逾2亿元人民币。为开展高水平专科诊疗创造了条件。
医院拥有肿瘤神经外科诊疗中心、小儿神经外科诊疗中心、立体定向及功能神经外科、癫痫研究所、血管神经外科诊疗中心、肿瘤综合诊疗中心、脑瘫诊疗中心、垂体腺瘤诊疗中心、颅脑创伤诊疗中心、脊髓脊柱疾病诊疗中心、神经内科、神经康复科、心理行为医学科、神经电生理中心（含脑磁图、视频脑电室等）等一批在国内有影响和知名度的特色优势科室。在以手术为特色的癫痫综合治疗和垂体腺瘤的外科治疗以及各种巨大脑肿瘤的手术和放射治疗（含X刀）、适形调强精准放疗、颅脑外伤的手术和康复治疗、各种脑血管病和脑瘫的综合诊疗与康复、植物状态复苏（促醒）等方面，做了大量卓有成效的工作，受到国内外同行和患者的肯定。